Съгласно програмата за мониторинг на КФС "Рожен" ежедневно се регистрират метеорологични данни, серен и азотен диоксид, озон, вземат се проби от въздуха за определяне съдържанието на прах и оловни аерозоли. Провеждат се физикохимични изследвания на валежите. Всяко тримесечие се вземат водни проби от двете реки на територията на станцията. Ежегодно се изследват почвени проби. Еднократно в началото и в края на вегетационния период се изследват фитомонитори.