Съгласно програмата за мониторинг на КФС “Рожен” ежедневно се контролира съдържанието на серен и азотен диоксид, озон, прах и олово в атмосферния въздух. Измерват се и следните метеорологични параметри - относителна влажност, температурaта на въздуха, слънчева радиация, количество валеж и скорост и посоката на вятъра.

Провеждат се физикохимични изследвания на валежи. Всяко тримесечие се вземат водни проби от двете реки на територията на станцията. Ежегодно се изследват почвени проби. Еднократно в началото и в края на вегетационния период се изследват фитомонитори.