От проведения мониторинг на повърхностни води основни проблеми представляват биогенните показатели, определящи съдържанието на амониев азот и фосфати. В почти всички реки, високите концентрации на амониевият азот се измерват в участъци след заустване на битови отпадъчни води без пречистване от големи населени места и особено при малък дебит на реките, например: р. Суха след Добрич; р. Поройна след Шумен, а в р. Мочурица след Карнобат и р. Поповска след Попово са измерени и високи концентрации на фосфати.

Подобряване на качеството на повърхностните води може да продължи чрез намаляване на заустването в тях на замърсителите от точкови и дифузни източници. Понататъшните дейности изискват комплексно изследване на речните басейни като цяло, регистриране и елиминиране на замърсителите за укрепване на естествените функции на речните екосистеми. Всичко това е заложено в Рамковата директива за водите на ЕС (2000/60/ЕС). Целта на Директивата е да установи обща рамка за опазване на всички води, включвайки повърхностни и подземни води, преходни и крайбрежни води, при което се достигат:

• Предотвратяване на понататъшно влошаване, защита и подобряване на състоянието на водните ресурси;
  
• Подкрепя устойчивата употреба на водите, базирайки се на дългосрочна защита на водните ресурси;
  
• Цели повишена защита и подобрение на водните екосистеми, използвайки специфични мерки за прогресивно намаление на отпадъчните води, емисиите и загубите от приоритетни вещества, както и прекратяването или постепенното преустановяване на изпускането на отпадъчни води, емисиите и загубите от приоритетни опасни вещества;
  
• Допринася за смекчаване на последствията от наводнения и суши;
  
• Обща цел –достигането на добро състояние на всички води до 2015 г.