Изпълнителната агенция по околна среда се състои от обща и специализирана администрация.
Общата администрация осигурява технически дейността на изпълнителния директор и на специализираната администрация. Тя е организирана в четири дирекции:
Дирекция "Правно, административно осигуряване"
Дирекция "Информационно осигуряване"
Дирекция "Финансово и стопанско управление"
Дирекция "Управление на обществените поръчки"
Специализираната администрация осъществява информационни, регулиращи, координиращи и контролни функции съобразно правомощията на изпълнителния директор. Тя е обособена в три дирекции:
Главна дирекция "Лабораторно-аналитична дейност"
Дирекция "Мониторинг и оценка на околната среда"
Дирекция "Разрешителни режими"