Поддържаните и развивани информационни системи в ИАОС осигуряват необходимите данни за анализ и оценка на състоянието на компонентите и факторите на околната среда. Въз основа на това се изготвя информацията, необходима за прилагане на политиките в тази област както в национален, така и в международен план. Информационните системи служат и за предоставяне на публичен достъп до информацията за състоянието на околната среда. Поддържаните информационни системи с онлайн достъп в ИАОС са:

Мониторинг на въздуха

Национална система за контрол качеството на атмосферния въздух в реално време:
Ежедневен бюлетин за качеството на въздуха
Последни случаи на превишение на алармените прагове за NO₂, SO₂ и O₃
Прогноза на нивата на приземния (тропосферен) озон над България

Инвентаризации на емисии

Информационна система за инсталациите, източници на емисии на летливи органични съединения

Мониторинг на водите

Информационна система за разрешителни и мониторинг при управлението на водите
ГИС модул
Таблични справки

Мониторинг на биологичното разнообразие, горските екосистеми и почвите

Регистър на защитените територии и защитените зони в България
Списък и търсене
ГИС приложение

Регистър на вековните дървета в България
Списък и търсене

Информационна система към Националната система за мониторинг на биологичното разнообразие

Национална база данни за земното покритие на България, разработена по общоевропейския проект "КОРИНЕ Земно покритие"

Регистър на складове и съхраняваните в тях негодни за употреба пестициди (ГИС приложение)

Радиологичен мониторинг и мониторинг на шума

Национална автоматизирана система за непрекъснат контрол на радиационния гама-фон:
Ежедневен бюлетин за радиационната обстановка

Информационна система за резултатите от контрола на промишлените източници на шум в околната среда

Мониторинг на отпадъци - Национална информационна система за отпадъци

Регистри на лицата, пускащи на пазара продукти, след употребата на които се образуват масово разпространени отпадъци

Регистър на лицата, притежаващи документи за извършване на дейности с отпадъци
Регистър на депата за съхранение на отпадъци
Регистър на инсталациите за преработка на отпадъци
ГИС приложение към регистрите

Пространствено ориентиран модел за проучване и прогнозиране на потенциалното замърсяване на околната среда от депата за отпадъци

В ИАОС се поддържат и редица вътрешни информационни системи без достъп през Интернет, които подпомагат изпълнението на ангажиментите на агенцията.